藥物化學(xué)系建立于1996年12月，由原藥物化學(xué)教研室和抗腫瘤藥物研究室合并而成。藥物化學(xué)學(xué)科2001年被評(píng)為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科，該學(xué)科主要由藥物化學(xué)系及藥學(xué)院其它從事藥物設(shè)計(jì)與合成的課題組所組成，藥學(xué)化學(xué)碩士和博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)以及博士后流動(dòng)站主要依托在藥物化學(xué)系。

我系現(xiàn)有教師22名，其中教授9名，副教授7名，講師5名，主管技師1名。包括中科院院士1名，長(zhǎng)江學(xué)者特聘教授2名，國(guó)家杰出青年基金獲得者2名，青年長(zhǎng)江學(xué)者1名，博士生導(dǎo)師10名，碩士生導(dǎo)師8名。本系承擔(dān)藥學(xué)院本科生、專科生及研究生藥物化學(xué)等相關(guān)課程的教學(xué)，開(kāi)設(shè)藥物化學(xué)、波譜解析、計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)、高等藥物化學(xué)等課程，其中藥物化學(xué)被評(píng)為國(guó)家級(jí)精品課程。本系的教學(xué)改革課題取得了豐碩成果，獲得一項(xiàng)國(guó)家級(jí)教學(xué)成果二等獎(jiǎng)、一項(xiàng)國(guó)家級(jí)精品課程、一項(xiàng)教育部?jī)?yōu)秀教材二等獎(jiǎng)、一項(xiàng)北京市教學(xué)成果一等獎(jiǎng)、一項(xiàng)北京市精品教材、兩項(xiàng)北京大學(xué)教學(xué)成果一等獎(jiǎng)。教學(xué)集體先后獲得北京大學(xué)醫(yī)學(xué)部教學(xué)優(yōu)秀集體獎(jiǎng)；多名教師先后獲得桃李獎(jiǎng)、寶鋼教育基金優(yōu)秀教師獎(jiǎng)、校優(yōu)秀教師獎(jiǎng)和優(yōu)秀青年教師獎(jiǎng)，并在院青年教師講課競(jìng)賽、校青年教師教學(xué)基本功選拔賽、提高教學(xué)質(zhì)量爭(zhēng)做名師名教等活動(dòng)中，獲得各種獎(jiǎng)勵(lì)。因此我們的集體是一支既代表著國(guó)內(nèi)藥物化學(xué)領(lǐng)域科教研先進(jìn)水平，又以年輕博士為中堅(jiān)力量的充滿活力的隊(duì)伍。本系現(xiàn)有在讀研究生90余人，其中博士生50余名，碩士生40名，在站博士后22名。

以一流的科研帶動(dòng)學(xué)科發(fā)展與人才培養(yǎng)是藥物化學(xué)系多年來(lái)堅(jiān)持的發(fā)展思路，全系的教職員工積極參與國(guó)家各類(lèi)科學(xué)研究發(fā)展規(guī)劃的實(shí)施。我系擁有多名學(xué)科帶頭人，近年來(lái)，先后承擔(dān)多項(xiàng)“973”項(xiàng)目、重大新藥創(chuàng)制、國(guó)家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目、國(guó)家自然科學(xué)基金重大研究計(jì)劃及國(guó)家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目等國(guó)家、省部級(jí)科研項(xiàng)目及其它科技合作項(xiàng)目，并取得了豐碩的成果，尤其在以核酸為靶點(diǎn)的藥物研究、糖化學(xué)與生物學(xué)研究等領(lǐng)域，形成了自己的研究特色。在近五年的科研與教學(xué)中，在國(guó)際國(guó)內(nèi)學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表學(xué)術(shù)論文200余篇，其中國(guó)外SCI收錄論文占80％以上；出版了多部專著，申請(qǐng)專利30余項(xiàng)。獲得國(guó)家自然科學(xué)二等獎(jiǎng)2項(xiàng)，教育部自然科學(xué)一等獎(jiǎng)1項(xiàng)，教育部自然科學(xué)二等獎(jiǎng)2項(xiàng)，北京市科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)1項(xiàng)等獎(jiǎng)勵(lì)。

本系擁有良好的科研實(shí)驗(yàn)環(huán)境，完善的實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備。擁有分子模擬&計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)工作站、微波合成儀、高效液相色譜儀、DNA合成儀、生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室等化學(xué)/生物學(xué)設(shè)施，形成一個(gè)完備的藥物研發(fā)平臺(tái)。

藥物化學(xué)系的發(fā)展目標(biāo)是針對(duì)腫瘤、病毒、老年性疾病等重大疾病，以疾病相關(guān)的基因或蛋白等疾病發(fā)生發(fā)展過(guò)程中關(guān)鍵的生物大分子為靶點(diǎn)，展開(kāi)以靶分子結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的藥物發(fā)現(xiàn)的基礎(chǔ)與應(yīng)用基礎(chǔ)研究，發(fā)展藥物分子合成方法，建立一個(gè)基于靶分子結(jié)構(gòu)信息的現(xiàn)代藥物分子設(shè)計(jì)平臺(tái)，為新藥的發(fā)現(xiàn)提供先導(dǎo)結(jié)構(gòu)。目前主要研究方向包括：1) 以核酸為靶點(diǎn)的抗腫瘤抗病毒藥物研究，2) 糖類(lèi)藥物研究，3）藥物先導(dǎo)結(jié)構(gòu)的發(fā)現(xiàn)與優(yōu)化，4）生物活性物質(zhì)的合成方法學(xué)研究，5）藥物設(shè)計(jì)方法學(xué)研究，等。

化學(xué)生物學(xué)系建立于2000年，由原來(lái)的生物無(wú)機(jī)系和生物有機(jī)系組成，岳寶珍教授任系主任。2003年藥物分析研究室并入化學(xué)生物學(xué)系組成新的化學(xué)生物學(xué)系，由李潤(rùn)濤教授任主任。現(xiàn)任系主任為李中軍教授，系副主任為楊曉改教授和凌笑梅教授。

化學(xué)生物學(xué)系擁有一支高素質(zhì)的教學(xué)、科研隊(duì)伍。全系現(xiàn)有教職員37人，其中中國(guó)科學(xué)院院士1名，博士生導(dǎo)師11人，碩士生導(dǎo)師12人，教授10人，副教授16人，其中具有博士學(xué)位的教師22人。化學(xué)生物學(xué)系先后涌現(xiàn)出以王夔、蔡孟深、董善年等為代表的一批杰出學(xué)者，具有很高的學(xué)術(shù)造詣和聲望。

化學(xué)生物學(xué)系承擔(dān)醫(yī)學(xué)部本科生的化學(xué)教學(xué)和實(shí)驗(yàn)及藥學(xué)院博士生、碩士生的化學(xué)和化學(xué)生物學(xué)方向的課程，共開(kāi)設(shè)以化學(xué)生物學(xué)、無(wú)機(jī)化學(xué)、有機(jī)化學(xué)、儀器分析和藥物分析為主干課程的本科生、碩士和博士研究生課程共54門(mén)次。作為藥學(xué)一級(jí)學(xué)科授予單位和博士后流動(dòng)站的組成單位，化學(xué)生物學(xué)系可招收化學(xué)生物學(xué)及藥物分析學(xué)碩士、博士研究生及博士后研究人員。每年可招收每年招收博士后研究人員2-3名，博士生10-12名，碩士生40-50名。

經(jīng)過(guò)多年的融合及交叉，結(jié)合醫(yī)學(xué)部深厚的醫(yī)學(xué)、生物學(xué)研究基礎(chǔ)，針對(duì)疾病發(fā)生發(fā)展過(guò)程中致病因子對(duì)生命過(guò)程的干擾和破壞及藥物對(duì)病理過(guò)程的干預(yù)兩個(gè)方面，從分子、細(xì)胞和整體動(dòng)物三個(gè)層次研究病理、藥理、毒理過(guò)程的化學(xué)生物學(xué)基礎(chǔ)，并在這個(gè)基礎(chǔ)上研究結(jié)構(gòu)、化學(xué)生物學(xué)性質(zhì)和藥理/毒理/代謝行為的關(guān)系，已構(gòu)建了具有國(guó)際一流水平的研究平臺(tái)，取得了重要的研究成果，具有了一定的國(guó)內(nèi)外影響力。目前承擔(dān)多項(xiàng)國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（包括重大專項(xiàng)、重點(diǎn)項(xiàng)目和面上項(xiàng)目）、創(chuàng)新藥物重大專項(xiàng)、973計(jì)劃等國(guó)家和部委級(jí)科研項(xiàng)目與課題，近五年發(fā)表 SCI 收錄學(xué)術(shù)論文 170 余篇，申報(bào)專利 50項(xiàng)，獲授權(quán)30余項(xiàng)；獲得省部級(jí)科研和教學(xué)成果獎(jiǎng)2項(xiàng)；完成國(guó)家級(jí)科研任務(wù)近50項(xiàng)。

北京大學(xué)藥學(xué)院的前身是北京大學(xué)中藥研究所，始建于1941年。在此基礎(chǔ)上，1943年建立北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系；1952年醫(yī)學(xué)院獨(dú)立建院，隨之改名為北京醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系；1985年隨學(xué)校更名為北京醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院；2000年4月更名為北京大學(xué)藥學(xué)院。曾設(shè)本草、制藥、藥學(xué)、藥檢、藥物化學(xué)、生藥學(xué)、應(yīng)用化學(xué)（醫(yī)藥）、藥理學(xué)等專業(yè)，現(xiàn)設(shè)藥學(xué)專業(yè)（六年制本碩連讀）。藥學(xué)專業(yè)于2007、2008年被批準(zhǔn)為國(guó)家級(jí)、北京市級(jí)高等學(xué)校特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，于2008年被批準(zhǔn)為“國(guó)家理科基礎(chǔ)科學(xué)研究和教學(xué)人才培養(yǎng)基地”（簡(jiǎn)稱理科基地）藥學(xué)專業(yè)點(diǎn)。北京大學(xué)藥學(xué)院是一個(gè)以培養(yǎng)研究型人才為目標(biāo)的藥學(xué)院。

1943-1945年劉思職教授任系主任，1945-1947年陳同度教授任系主任，1947-1958年薛愚教授任系主任，1958-1966年王序教授任系主任，1978-1983年王序教授任系主任，1983-1988年王夔教授任系主任、院長(zhǎng)，1988-1999年張禮和教授任院長(zhǎng)，1999-2004年彭師奇教授任院長(zhǎng)，2004-2005年劉俊義教授任常務(wù)副院長(zhǎng)，2005-2016年劉俊義教授任院長(zhǎng)；2016年至今，周德敏教授任院長(zhǎng)。至今藥學(xué)院已有四名教授遴選院士，其中王序教授、王夔教授、張禮和教授為中國(guó)科學(xué)院院士，樓之岑教授為中國(guó)工程院院士。

藥學(xué)院由六系（化學(xué)生物學(xué)系，藥物化學(xué)系，天然藥物學(xué)系，藥劑學(xué)系，分子與細(xì)胞藥理學(xué)系，藥事管理與臨床藥學(xué)系）、一室（天然藥物及仿生藥物國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）、一所（應(yīng)用藥物研究所）、一中心（藥學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心）組成。下設(shè)四個(gè)委員會(huì)：教學(xué)委員會(huì)、學(xué)術(shù)委員會(huì)、藥物研究與開(kāi)發(fā)委員會(huì)、對(duì)外合作交流委員會(huì)。現(xiàn)有三個(gè)國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科即藥物化學(xué)、生藥學(xué)及藥理學(xué)科，藥學(xué)學(xué)科于2007年被認(rèn)定為國(guó)家一級(jí)重點(diǎn)學(xué)科，在教育部2012年學(xué)科評(píng)估中排名全國(guó)第一，于2017年入選教育部雙一流建設(shè)學(xué)科，2017年QS全球藥學(xué)學(xué)科排名第24位。2019年獲批“國(guó)家級(jí)一流本科專業(yè)”建設(shè)單位。

學(xué)院在職職工178名，有教授（研究員）45名、副教授（副研究員）51名，其中中國(guó)科學(xué)院院士2人，國(guó)家“973”計(jì)劃項(xiàng)目首席科學(xué)家3人，“長(zhǎng)江學(xué)者獎(jiǎng)勵(lì)計(jì)劃”特聘教授3名，中組部首批青年拔尖人才1人，百千萬(wàn)人才工程國(guó)家級(jí)人選1人，國(guó)家級(jí)有突出貢獻(xiàn)中青年專家3人，國(guó)家杰出青年基金獲得者7人，科技部創(chuàng)新人才推進(jìn)計(jì)劃中青年科技創(chuàng)新領(lǐng)軍人才1人，科技部創(chuàng)新人才推進(jìn)計(jì)劃重點(diǎn)領(lǐng)域創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)1個(gè)、教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)4個(gè)，教育部跨世紀(jì)（新世紀(jì)）人才12人，國(guó)家優(yōu)秀青年科學(xué)基金獲得者5人，北京市科技新星計(jì)劃入選者4人，北京市優(yōu)秀青年人才1人，全國(guó)優(yōu)秀教師1名，北京市教學(xué)名師3名，北京市優(yōu)秀教師8名。博士生導(dǎo)師62名、碩士生導(dǎo)師52名，具有博士學(xué)位的教師112名，占專任教師總數(shù)的87.5%，具有碩士學(xué)位的教師14名，占專任教師總數(shù)的10.9%。

學(xué)院在校各類(lèi)學(xué)生1142人，其中博士研究生215人、統(tǒng)招碩士研究生365人、在職申請(qǐng)學(xué)位研究生46人，六年制本碩連讀學(xué)生516人。

學(xué)院近年來(lái)獲國(guó)家級(jí)教學(xué)成果二等獎(jiǎng)1項(xiàng)、北京市教學(xué)成果一等獎(jiǎng)2項(xiàng)、北京市教學(xué)成果二等獎(jiǎng)2項(xiàng)；獲國(guó)家自然科學(xué)二等獎(jiǎng)3項(xiàng)，國(guó)家科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)2項(xiàng)，省部級(jí)一等獎(jiǎng)8項(xiàng)、二等獎(jiǎng)26項(xiàng)、三等獎(jiǎng)12項(xiàng)，其他獎(jiǎng)20余項(xiàng)；近五年發(fā)表論文1824篇（其中被SCI收錄的1248篇）。

藥學(xué)院與國(guó)際國(guó)內(nèi)科研院所、制藥企業(yè)有著廣泛的合作與交流。與美國(guó)、英國(guó)、法國(guó)、德國(guó)、日本、荷蘭等國(guó)家及港澳臺(tái)地區(qū)等十幾所大學(xué)或公司建立了友好合作關(guān)系，聘請(qǐng)外籍名譽(yù)教授4名、客座教授12名，對(duì)內(nèi)、對(duì)外交流的擴(kuò)大和加深促進(jìn)了藥學(xué)院整體地位與水平的穩(wěn)步提高。

北京大學(xué)藥學(xué)院今后幾年的奮斗目標(biāo)是：逐步發(fā)展為具有國(guó)際一流水平的藥學(xué)院。